De oorsprong van Scientology is te vinden in de jaren '30 toen L. Ron Hubbard, de Amerikaan die de stichter van Scientology zou worden, door het Verre Oosten reisde en zichzelf de vraag stelde waarom de mens een zo erbarmelijk leven leidt. Niemand was in staat de vragen die hij als jonge man stelde ­ waar de mens vandaan kwam en waarheen de mens onderweg was ­ te beantwoorden.

In 1950 schreef Hubbard over dit thema een boek, dat hij de titel Dianetics ("door het verstand") gaf. Het was zijn eerste onderzoek naar het verstand. Het boek, Dianetics:The Modern Science of Mental Health [Dianetics: De moderne wetenschap van geestelijke gezondheid] sloeg aan en werd snel een bestseller. Er zijn meer dan 17 miljoen exemplaren van verkocht. Toen de Dianetics beweging begon te groeien en het onderzoek werd uitgebreid van het verstand naar de geest, resulteerde dit in een ander thema ­ Scientology ­ en in 1954 werd de eerste Kerk gesticht in de Verenigde Staten. Kort daarna maakte Japan voor het eerst kennis met Dianetics, maar het duurde tot 1962 voor in Japan het eerste officiële Scientology missiewerk werd opgenomen, waarmee de geschiedenis van Scientology in Japan in feite in dat jaar begon. Op 10 september 1962 werd voor een overvolle zaal de eerste officiële lezing over Scientology gegeven.

Het woord "Scientology" is afkomstig van het Latijnse scio, dat "weten" betekent ­ in de ruimste zin van het woord ­ en het Griekse logos, dat "woord" betekent.

In het boek Scientology ­ The Fundamentals of Thought [De grondbeginselen van het denken], verklaart Hubbard dat het onderwerp eigenlijk is afgeleid uit de oorsprong van de psychologie, maar dat we ons ervan bewust moeten zijn dat het niet is afgeleid uit de hedendaagse psychologie, maar de oude psychologie zoals die in de godsdiensten van de wereld werd geleerd voordat in de vorige eeuw deze discipline van zijn spirituele kern werd ontdaan.

Psychologie betekent letterlijk "studie van de geest". De hedendaagse psychologie heeft deze betekenis verloren en bestudeert niet langer de geest, noch erkent zij de geest als een serieus te nemen onderwerp van studie. Scientology denkt daar volkomen anders over. Het bestudeert de geest, zoals de meeste grote godsdiensten van de wereld.

In het algemeen leggen godsdiensten een verband tussen de menselijke geest en de grote "levenskracht" van het universum. Het woord "geest" is echter moeilijk te definiëren. Sommigen bepleiten het standpunt dat de geest in feite het menselijk verstand is. Maar bij Scientology wordt "geest" gezien als het "Zelf" en omvat het meer dan alleen het verstand. Bij een van de Japanse shinto-godsdiensten, Seicho-no-Ie, bestaat hiervoor een uitdrukking die zou kunnen worden vertaald met "het kind van God". Dat zou ongeveer overeenkomen met de betekenis van de Japanse woorden "hime" of "hiko". Bij Scientology bedacht Hubbard het woord thetan, afgeleid van het Griekse woord voor geest, omdat geen bestaand woord de volledige betekenis omvatte.

Het idee, nieuwe woorden te bedenken om nieuwe begrippen te beschrijven waarvoor geen bestaand woord toereikend is, is in de godsdienst niet nieuw. In Japan bedacht de leermeester Kobodaishi, de stichter van Shingon (een zeer oude en behoudende, grote esoterische boeddhistische sekte) een groot aantal woorden waaraan behoefte was om deze religie te kunnen uitoefenen.

Desalniettemin heeft Scientology geen nieuw woord voor God bedacht. Hoewel God als referentiekader geen deel uitmaakt van de Scientology leer, en leden hun eigen voorstellingen kunnen hebben over wat dit woord al dan niet betekent, zijn de woorden die in dit verband worden gebruikt "het Opperwezen", het "oneindige", het "allesomvattende", de "schepper van het universum", en natuurlijk "God".

Anders dan een aantal andere godsdiensten kent Scientology geen specifiek dogma over de voorstelling van God, maar staat iedereen toe zich een eigen beeld te vormen over de positie van God in het universum en over de aard der dingen. Daarop kan het geloof worden opgebouwd. Aspirant Scientologen zijn dan ook niet alleen afkomstig uit alle lagen van de maatschappij en van alle nationaliteiten, maar ook uit de meest uiteenlopende godsdienstige milieus. Lid zijn van meer dan een godsdienst is in Japan en het Verre Oosten een heel gebruikelijk verschijnsel. Tegen deze achtergrond geven Japanse aspirant Scientologen dan ook niet hun eigen godsdienst op, maar benutten, zoals de schrijvers dezes begrijpt, hun studie van Scientology om hun bestaande religieuze overtuiging en geloof in God te bekrachtigen. Dit is enigszins vergelijkbaar met hetgeen gebeurt bij de betrekkelijk jonge shinto-godsdienst Seicho-no-Ie, die eveneens aanhangers heeft die afkomstig zijn uit het boeddhisme, het christendom, en andere geloofsrichtingen.