Al igual que con cualquier religión que conozco, Cienciología tiene una vida comunal y una organización eclesiástica que funciona tanto para preservar y expresar el sistema de creencias, como para propiciar las prácticas religiosas. En términos eclesiásticos, la Iglesia de Cienciología es jerárquica en vez de congregante en su organización. Las religiones congregantes ejercen autoridad eligiendo localmente a ministros de iglesias, votando sobre reformulaciones de sistemas de creencias (credos) y prácticas religiosas, al igual que el gobierno de la iglesia. La mayoría de las creencias protestantes en los Estados Unidos son congregantes en lo que se refiere a su gobierno. Ejercen autoridad, por decirlo así, desde abajo hacia arriba. Por su parte, las religiones jerárquicas ejercen la autoridad por medio de nombramientos y delegaciones de arriba hacia abajo, ya sea de un personaje religioso central, como el Supremo Pontífice (el Papa) en el catolicismo romano y el Dalai Lama en el budismo tibetano, o de un organismo ejecutivo central como un sínodo de obispos o un consejo de ancianos. Mi estudio de la Iglesia de Cienciología me demostró que sigue el tipo jerárquico clásico para el gobierno eclesiástico.

A continuación presentaré un breve resumen de la organización de la Iglesia de Cienciología. L. Ronald Hubbard, quien murió en 1986, fue y permanece la fuente exclusiva de doctrina y tecnología religiosa de Cienciología, incluyendo los niveles superiores de OT. La máxima autoridad eclesiástica de la Iglesia de Cienciología es ejercida por la Iglesia de Cienciología Internacional (CSI, del inglés Church of Scientology International) y el Centro de Tecnología Religiosa (RTC, del inglés Religious Technology Center). CSI es la "iglesia madre" y tiene la responsabilidad principal de propagar el credo de Cienciología en todo el mundo. La función más importante de RTC es preservar, mantener y proteger la pureza de la tecnología de Cienciología, y asegurar su debida y ética entrega de acuerdo con los principios de la religión. En su funcionamiento, RTC es muy parecido a la Congregación para la Doctrina de la Religión en el catolicismo romano. Por debajo de CSI y RTC se encuentran Misiones de Cienciología Internacional (SMI, del inglés Scientology Missions International), la cual funciona como la "iglesia madre" para las misiones de la Iglesia en todo el mundo. Su estructura se asemeja bastante a la Primera Iglesia de Ciencia Cristiana en Boston, la cual también sirve como la iglesia madre para todas las otras iglesias de ciencia cristiana. En todas las controversias doctrinales, RTC es el tribunal de apelación último y final en Cienciología, así como el Vaticano y sus congregaciones son los tribunales finales de apelación en el catolicismo romano.

También debo mencionar aquí a la Organización del Mar. La Organización del Mar está compuesta por miembros de la Iglesia de Cienciología que se comprometen a servir "por mil millones de años", representando su compromiso a servir a la Iglesia en esta vida y en incontables vidas a venir. La Organización del Mar ha llegado a ser para Cienciología lo que los jesuitas representan para el catolicismo romano. De las filas de la Organización del Mar provienen casi todos los líderes de la Iglesia.

Cienciología a veces se describe a sí misma como una "filosofía religiosa aplicada". Algunos han usado esta frase para argumentar que Cienciología no es una religión. Pero, como se indicó anteriormente, mis investigaciones sobre las enseñanzas de la Iglesia y entrevistas con sus miembros muestran que Cienciología posee todos los rasgos que son comunes a las religiones alrededor del mundo y a través de la historia: un sistema bien formado de creencias, prácticas religiosas continuas, y un gobierno eclesiástico jerárquico. Además, la palabra "filosofía" puede tener varios significados y no es incompatible de ninguna forma con la palabra "religión". Literalmente, la palabra filosofía significa "amor a la sabiduría" y toda religión conocida por la humanidad proclama algún tipo de "sabiduría" o conocimiento de una verdad final. Mis entrevistas con cienciólogos demostraron que los seguidores consideran que la palabra "filosofía" se refiere al significado final de la vida y el universo en el sentido religioso del término. La "filosofía" de Cienciología depende de la creencia de que el alma es inmortal y tiene un destino eterno. Al hacer uso de conceptos filosóficos y al enfatizar la aplicación de sus enseñanzas, Cienciología ciertamente no es diferente a cualquier otra religión que yo conozca. La religión siempre se une a la filosofía. En su gran obra la Summa Theologica, Santo Tomás de Aquino, el teólogo más grande en la historia del catolicismo romano, hace uso de incontables ideas, términos y obras filosóficas adoptadas del filósofo griego Aristóteles, y exhorta a la aplicación moral de estos conceptos "filosóficos". Empero, nadie consideraría a la Summa de otro modo que un tratado religioso de la más alta categoría. La frase "una filosofía religiosa aplicada" de ninguna forma desvirtúa a Cienciología como una fe religiosa auténtica en pleno sentido del término.

Las religiones occidentales ­específicamente el judaísmo, el cristianismo e islamismo­ tradicionalmente han sido exclusivistas por naturaleza. Cada religión dice ser la verdadera religión en virtud de su singular ley religiosa, salvador, profeta, camino a la salvación, o interpretación del significado final de la vida y la verdad. Esta característica exclusivista, en general, está ausente en las religiones orientales, tales como el hinduismo, el confucianismo, el sintoísmo, el taoísmo y el budismo. En el Oriente, la misma persona puede comenzar la vida como sintoísta, casarse tanto por los ritos del sintoísmo, como por los ritos cristianos, y, finalmente, ser enterrado con un rito budista sin tener que "escoger" cuál religión es la "correcta". Hoy en día, hasta el cristianismo occidental está perdiendo algo de su carácter exclusivista, según es evidenciado por las diversas creencias que participan activamente en el diálogo teológico interreligioso y el culto religioso intercomunal. No es de sorprender de ninguna manera tal pluralidad de creencias y es perfectamente comprensible para los entendidos de la religión que estudian las prácticas actuales de primera mano. Aunque Cienciología tiene muchas similitudes con las tradiciones tanto hindú como budista., no requiere que sus miembros renuncien a sus pasadas creencias religiosas o a su afiliación en otras iglesias u órdenes religiosas, no es una religión estrictamente exclusivista, pero tampoco estrictamente no exclusivista. Esto está acorde con la tendencia de pluralidad de creencias de nuestro tiempo. Sin embargo, como cuestión práctica, los cienciólogos casi siempre participan de lleno en la religión de Cienciología, excluyendo de esa forma a cualquier otra religión. En todo caso, la liberalidad hacia personas de otras tradiciones religiosas no desvirtúa de ninguna forma la identidad religiosa específica de Cienciología.