La administración de las operaciones mundiales de la Iglesia de Cienciología es responsabilidad de los organismos eclesiásticos ubicados en Los Ángeles. El Director Ejecutivo Internacional recibe el apoyo de once ejecutivos principales, cada uno de los cuales se encarga de una actividad o función específica de la Iglesia. La estructura burocrática de la Iglesia de Cienciología Internacional (CSI, por sus siglas en inglés) se asemeja a la de la Iglesia católica romana, aunque las tareas de los diversos funcionarios dentro de la CSI son particulares de Cienciología y reflejan las teorías de organización y administración que postuló L. Ronald Hubbard.

La Iglesia de Cienciología hace especial énfasis en asegurarse de que los procedimientos que se utilizan para auditar y entrenar sean exactamente los que especificó L. Ronald Hubbard. Se habla de sus escritos sobre Cienciología como las Escrituras. Por tanto, dichos escritos desempeñan una función semejante a la de las escrituras sagradas en otras religiones. El árbitro final de la ortodoxia y ortopraxis en Cienciología es el Centro de Tecnología Religiosa establecido por Hubbard con ese propósito.

En conformidad con su creencia de que son seres espirituales inmortales, algunos miembros de la Iglesia de Cienciología firman promesas de servicio eterno a Cienciología y sus metas. Dichas personas son miembros de una orden religiosa que se conoce como la Organización del Mar (Sea Organization). Usan uniformes distintivos y por lo general viven comunalmente. Una vez más son obvias las semejanzas con las órdenes religiosas de otras religiones.