Die soziale Dimension der Scientology-Religion wird durch ihr komplexes kirchliches Gefüge ausgedrückt. Die internationale Kirchenhierarchie der Scientology-Kirche besteht aus mehreren Ebenen und mehreren speziellen Organisationen, deren Aufgabe es ist, die Orthodoxie und die Aktivitäten der einzelnen Kirchen zu überwachen. In der Kirchenhierarchie existiert die Church of Scientology International (CSI), die "Mutterkirche", deren Aufgabe es ist, die weltweite Praktik und Verbreitung der Religion zu leiten. Dann gibt es das Religious Technology Center, das unmittelbar für die Reinheit der scientologischen Schriften und für das orthodoxe Praktizieren der Religion verantwortlich ist.

Die einzelnen Kirchen unter der Leitung der CSI sind in einer Hierarchie angeordnet, welche die Ebene der von ihnen abgehaltenen Dienste reflektiert. So gibt es zum Beispiel in Florida die Church of Scientology Flag Service Organization, an der scientologische Dienste der höchsten Ebene abgehalten werden, und die verschiedenen, über die ganze Welt verteilten "Fortgeschrittenen Organisationen" und "Saint Hill Kirchen", in denen Dienste der mittleren Ebene angeboten werden. Darunter befinden sich die örtlichen Scientology-Kirchen, Scientology-Missionen und unabhängige Geistliche, die Dienste der niedrigeren und niedrigsten Ebene übernehmen. Jede dieser Ebenen wird wiederum von einer Kirchenorganisation geleitet, die der CSI unterstellt ist.